波密县地处念青唐古拉山东段和喜马拉雅山东端，北高南低，高山连绵，中部为帕龙藏布河谷和易贡藏布河谷，支流数十条，流域面积4549.6平方公里。境内有卡青、木如草复、罪玛、日母、关星、洛腮、公汤、曲玛尔矿勒、杂接着等十大名山。易贡错湖、古错湖等冰碛湖80多个，其中易贡湖名列藏东50多个淡水湖之首，面积22个平方公里，形成于1900年，境内最高海拔6648米，最低2001.4米，县城驻地扎木镇海拔2720米。